केंद्रीय फिल्म प्रमाणन बोर्ड (सीबीएफसी) ने बेबी जॉन को यू/ए सर्टिफिकेट दिया। हालांकि, जांच समिति (ईसी) ने कुछ संशोधनों के लिए कहा। शुरुआती अस्वीकरण की अवधि बढ़ा दी गई और निर्माताओं को एक लाइन जोड़ने के लिए कहा गया, 'फिल्म का शीर्षक, बेबी जॉन, किसी भी राजनीतिक व्यक्ति या संस्था से कोई संबंध या समानता नहीं रखता है।' फिर, एक वॉयसओवर और टेक्स्ट जोड़ा गया जिसमें कहा गया कि बाल कलाकारों का प्रदर्शन मौजूदा दिशा-निर्देशों के अनुसार रहा है। सीबीएफसी को एक सहमति पत्र भी प्रस्तुत किया गया था।
फिल्म के दो संवादों को सेंसर कर दिया। एक जगह महात्मा ज्योतिबा फुले को संदर्भित करने वाले संवाद में 'फुले' को म्यूट कर दिया गया। दूसरे दृश्य में लाल बहादुर शास्त्री को दूसरे शब्द से बदल दिया गया; प्रतिस्थापन शब्द कट सूची में निर्दिष्ट नहीं है।

सीबीएफसी ने निर्माताओं से चार दृश्य संशोधनों के लिए कहा। जिस दृश्य में एक पात्र 'कलश' (बर्तन) को लात मारता है, उसे संशोधित किया गया। पात्रों को आग लगाने वाले दृश्यों को 50% तक कम कर दिया गया। तीसरा, एक पात्र द्वारा दूसरे पात्र के चेहरे पर सिगरेट की कलियाँ चटकाने के दृश्य को संशोधित किया गया। अंत में, एक बंदूक की गोली के नज़दीकी शॉट को भी संशोधित किया गया।

बस इतना ही नहीं। सीबीएफसी के सदस्यों ने निर्माताओं से फिल्म में एक पात्र द्वारा बलात्कार के बारे में बताए गए सांख्यिकीय डेटा के लिए AWBI (भारतीय पशु कल्याण बोर्ड) प्रमाण पत्र और तथ्यात्मक स्रोत प्रस्तुत करने के लिए कहा।